قد تحدث مضاعفات فورية والتي عادة ما تظهر بعد تلقي العلاج الكيماوي، وتشمل التهابات في الفم وغثيان وقيء وتسمم الكبد. المضاعفات الأخيرة قد تكون خطيرة طبقاً لدرجة الضرر الذي لحق بالكبد. من الأعراض الشائعة أيضاً العدوى التي قد تصيب مجرى الدم وتتم السيطرة عليها بالمضادات الحيوية إلى أن يتم شفاء خلايا الدم. في الزراعة المتماثلة هناك احتمال حدوث مضاعفات أخرى هي رفض أنسجة جسم المريض لنخاع عظم المتبرع. وفيما يلي ملخص لبعض الآثار الجانبية لزراعة نخاع العظم.